◆机构的决定

　　在证据充分的基础上，通常由机构的有关负责人最后决定是否接受调查报告、调查结论以及对机构应采取措施的建议。如果此决定与调查委员会的决定不一致，作出决定的负责人需要在该机构将调查报告转送ORI的信函中，详细解释其作出与调查委员会不同决定的依据。该解释应与PHS对科研不端行为的定义，本机构的政策与程序以及调查委员会审核与分析的证据相一致。有关负责人也可以将调查报告退给调查委员会要求其进一步收集证据或分析。负责人的决定以及调查委员会的报告将作为调查的最终报告供ORI审核。
　　机构在作出对举报事项的最终决定后，需以书面形式通知被举报者和举报者。此外，作出决定的负责人要决定是否将此举报事项的调查处理结果通知执法机构、专业学会、专业执照管理部门、可能已发表有关造假论文期刊的主编、被举报者在同一项目中的合作者、其它相关机构或人员。机构还有责任遵守资助或赞助单位有关信息通报方面的所有要求。
　　此外，机构政策中可能允许被举报者上诉。如果是这样，政策中应明确上诉的条件以及提出上诉的程序。

　　◆ORI监督复核

　　ORI在接到一个机构关于科研不端行为举报的初步核查或正式调查的报告后，将复核报告的时效性、客观性、全面性及充分性。在复核过程中，ORI的官员要审核机构的报告和结论，以确定机构的调查结论是否成立，是否得到足够证据的支持，以及能否作为各举报事项的最终处理方案。

　　在监督过程中，ORI可能需要审核有关机构在初步核查或正式调查中使用过或准备的所有重要文件，包括经费申请书、出版物、计算机文件、研究数据、幻灯片、信件、备忘录、手稿，访谈摘要等。ORI要复核有关机构所进行分析的适当性与充分性。如果有关机构未能提供其作出结论的适当依据，ORI可能会重新分析或对研究数据、出版物或其它原始文件进行全新的分析，以确定是否接受该机构的结论。ORI经常要求机构补充信息，考虑其他问题或提供进一步的分析。

　　监督复核的结果通常是有关机构与ORI就调查结论达成一致。偶尔ORI会认为由于双方在科研不端行为的定义、取证标准或其它相关因素方面的分歧，无法根据有关机构的调查结论作出PHS对不端行为的裁定。在这种情况下，ORI可能会婉拒就该举报继续调查，或将其转卫生与人类服务部总监察长办公室调查。

　　当ORI完成对有关机构的初步核查或正式调查的监督复核后，通常要准备一份ORI监督报告，说明有关机构的调查过程及其得到的确定举报是否属实的论据。如果对举报事项没有相关证据支持，ORI向有关机构发送该报告的副本，并要求其直接将调查结果通知被举报者和举报者。如果举报事项有证据支持，ORI会与被举报者谈判，由其签署一份自愿排除协议（Voluntary Exclusion Agreement, VEA），被举报者在其中接受PHS给予的行政处罚。如不能达成这样的协议，ORI将对科研不端行为作出裁定，并向主管卫生的助理部长建议给予行政处罚，或向HHS的部门上诉委员会提交指控信。

　　◆公共卫生署/卫生部的决定

　　主管卫生的助理部长（ASH）在审核ORI提出的关于给予行政处罚的建议后，如果其中不涉及禁止申请资助和中止项目的处罚，将作出公共卫生署/卫生部的最终处罚决定。助理部长可以接受、修改或拒绝ORI提出的行政处罚的建议。如果助理部长接受了建议，ORI将向被举报者发送ORI最终报告的副本和说明拟对被举报者采取何种行政处罚的通知书。ORI同时会告知被举报者将有机会就不端行为的裁定和行政处罚问题要求HHS部门上诉委员会的行政法法官举行听证会。如被举报者要求举行听证会，应在收到通知书后的30天内提出申请。

　　如果被举报者未要求举行听证会，则科研不端行为的裁定及行政处罚将生效，并将在《联邦公告》、《NIH资助与合同指南》、《ORI通讯》和《ORI年度报告》中公布。此外，HHS的裁定与行政处罚还将在《PHS行政处罚公告》和ORI的网站上公布。同时，禁止申请资助的处罚也在行政事务管理局的“被列入排除者名单系统”（EPLS）中公布。