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还在担任中国科技大学校长时，朱清时就是媒体关注的焦点，因为他批评中国高校评估机制的形式化和走过场，坚持中科大原生态迎评估，不做任何粉饰。但真正把他推至风口浪尖的，还是2009年9月，经全球遴选并由深圳市政府任命，担任南方科技大学校长。
办一所像香港科技大学那样的高水平研究型大学，是深圳市政府对南方科大的期待。办所像加州理工学院那样，学术主导、教授治校的书院式大学，是朱清时寄予南方科大的理想。于是，中国第一所由理事会代表政府行使管理职能的大学应运而生，朱清时也成为第一位没有级别的校长。曾经，他是副部。
如此特殊又如此高调的南方科大，绞痛了我们的教育制度，有人说它将教育部逼至死角，使它必须公开面对高校改革中的深层次问题。素以正反两方专家激烈辩论著称的电视节目《一虎一席谈》中，对朱清时正在进行的改革，没有一张反对票。
开弓没有回头箭。第一批45名学生才刚刚入校，人们已经等不及要看他们的未来。立下“这批学生的前途将非常光明”的军令状的同时，南方科大也免除了这些学生的学费，并每人发了1万元的生活费。
朱清时说，四川人在当地，大都不够努力和玩命，但出来打拼的四川人，都非常地玩命。作为四川人的他，敢在63岁时执掌这所承载着太多改革意义的另类大学，就是一个旁证。
未来的某天，他希望自己可以重回故宫博物院研究古陶瓷，那对他来说是件很幸福的事情。2008年退休后，他受聘在那里担任客座研究员，直到国际猎头公司去找他。偶尔的间隙，他也会想回到成都老家，开家麻辣兔丁小馆，只为寻回儿时的味道。
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是什么在造就一个人的成功？
《是什么在造就一个人的成功》，是朱清时任中科大校长时，每年都会给学生们做的一次讲座。他不想让学生被市面上众多成功书籍误导，饱有科研工作者的严谨，他把自己几十年工作的历程作为第一手材料，希望学生从中能够真实地感受个人与时代，成功与否。
1968年从中科大物理系毕业后，朱清时去了青海一家工厂当铸造工人。大家都觉得他那一步走错了，他自己也觉得错了。后来发现，那是他人生中一次最重要的机遇。当时的青海，并没有受到政局的太多影响。1974年，因为大多数研究所都瘫痪了，中科院青海盐湖研究所拿到了国家科研顶目“激光分离同位素”，毕业后从未放弃过专业学习的朱清时顺利进入研究所，参与这一项目，并在一年后成为负责人。如今，他风趣地形容那段经历为“山中无老虎，猴子当大王”，“就像二十多岁的新兵当了军长”。1979年，朱清时成为中科院第一批出国留学人员，此后的十多年，他有一半的时间在加州大学、麻省理工学院、布鲁克林实验室、剑桥大学、牛津大学等十几所院校工作和学习。1991年，当选为中科院院士。至此，他实现了儿时的愿望，成为一名科学家。
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