郭雷分析认为，在我国当前科技管理体制中，不但存在计划经济思维下管理体制的某些弊端，而且还有不规范的“自由竞争”机制所带来的问题。政府部门的“宏观调控”与市场机制的“自由竞争”，只有很好地结合才能集成各自优势，否则就会导致两者弊端的叠加。这就要求政府管理部门在职能上既不能“越位”也不能“缺位”。对于自己实际上“管不了，管不好，也不应该管的事情”，不应该“越位”去管，而应从根本上进行职能转变，减少对科研项目从立项、遴选、验收到奖励的具体管理，将工作重点集中在制定规划、设计政策、做好服务和优化环境等职责上。另一方面，在科研管理的自由竞争机制中，也必须有规范完善的竞争规则、科学公正的评价体系与行之有效的管理措施作为保障，否则就会变为“无序竞争”甚至“恶性竞争”。因此，政府相关部门在这方面又不应该“缺位”。

　　郭雷举例说，“由行政管理部门负责具体项目和成果的评审，就属于管理职能的‘错位’。行政部门对科研评审所采用的通常做法，是按照几大科技领域分组来邀请评审专家。多数被邀请的专家，尽管在自己所熟悉的专业方向有一定造诣，但对于其他领域具体成果的判断，往往只能依靠某些表面现象和流行的数量指标，或主要受评委中个别‘小同行’观点的影响。这就使这类评审从根本上存在局限性，不可避免使其权威性与公正性大打折扣，使各类学术不端行为有机可乘，造成‘拼凑成果、忽悠意义、蒙混过关’者大量存在，同时还会造成不正确的科研导向，并使不少真正优秀者屡受挫折。这是由行政部门职能的‘错位’所导致的机制性缺陷。”

　　在他看来，科技奖励在一定情况下可以起到一定鼓舞作用，但是如果国家过度重视并与个人利益密切挂钩，以致把获奖引导成科学研究追求的目标，则往往会事与愿违、适得其反；更有甚者，不科学与不公正的评奖结果，往往还会对相关优秀科学家起到某种心理上“惩罚”作用，从而产生不可忽视的长久负面影响。

　　因此，郭雷建议，对我国几十年来频繁开展的大规模政府奖励行为，实事求是地深入分析所起的作用和客观效果，进一步改革奖励制度；建议政府只考虑颁发少量的科学家成就奖，而关于具体科研项目成果的奖励，交由学术界或市场自身来检验、评价与奖励。“原则上讲，对基础研究成果应该依据其学术价值或对科技发展所起的推动作用，主要由公认的学术组织和学术团体来评价奖励；对应用性研究成果，应该考察其实际应用效果和推广情况，主要通过市场机制等来评判奖赏。只有这样，才可能从根本上改进奖励体系，使其发挥更好的作用。”

　　中科院院士、中国科技大学校长侯建国也认为，我国的科学奖励名目较多，也很复杂，可以适当减少类型和数量。“基础成果奖，要更多地与国际接轨，让同行来评价；应用成果奖，要以市场价值和用户评价为主要标准，尽量减少行政干预。”

　　九三学社的一份提案也建议：应该针对不同研究类型的项目设置不同的绩效目标，特别是注意区分基础性研究项目和应用技术研究项目。“对于应用技术研究项目，应加强对成果转化情况的考核评价，设定对应的评价指标，真正考核科技项目的成果是否转化为生产力，符合市场需求。”