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　　但是，目前中科院专业类博物馆（科普馆）的运营面临了一些较为严重的困难。中科院科学传播办公室在2010和2011年，分别针对中科院部分专业类博物馆（科普馆）的运营情况和免费开放等进行了问卷调查。　其中，反映最强烈的是经费严重不足问题。没有专门经费支持博物馆（科普馆）的运营和展陈更新，使得中科院专业博物馆（科普馆、厅）普遍面临着很大的运营压力和困难。部分博物馆仅靠收取少量的门票费维持，一部分靠研究所挤占少量行政经费勉强维系，还有一部分博物馆（科普馆）只能局限在举办一些重要的科普活动时开放。

　　以中国科学院动物研究所国家动物博物馆为例，该馆是我国最大和最专业动物博物馆之一，以动物标本馆为依托，展陈面积5500平方米，展陈动物标本达6000多件，2011年接待公众达10万多人次。一年的水电费、服务费等支出（不包括人员支出185万元）达350万元；收入方面，　门票收入150万元，中科院财政补贴50万元，余下不足部分150万元靠研究所补贴。由于研究所没有博物馆运行费，只能挤占研究所开办费来维持，长期如此，也给研究所带来了很大的负担和压力。一旦研究所因经费原因不能及时给予补贴，就会直接影响到动物博物馆的正常运营，甚至导致关门。

　　中科院其它博物馆（科普馆）的经费情况也大多是入不敷出，开门运营都存在一定的困难，更谈不上展陈的更新和展示条件的改善。中科院30多个专业博物馆（科普馆）每年所需的运行经费在2000－2500万元左右（不包括植物园），但目前每年实有经费仅仅达到1000万元左右，缺口很大，远远不能满足需求。