在基于SRAP分子标记技术筛选的红麻野败型CMS胞质分子标签--Me14/Em8的基础上，通过在GenBank中的同源检索发现Me14/Em8引物组合的PCR扩增片段（SRAP-M1）与棉花EST（ES843192）及烟草线粒体基因组的一段序列（148406-148661）相似度分别达99%和97%。进而根据烟草线粒体基因组序列（148406-148661）及ES843192在Me14引物结合位点上游的同源性，在不育系P3A和保持系P3B mtDNA中同源克隆获得一段包括Me14引物结合位点上游67 bp侧翼序列在内的红麻线粒体基因组片段，命名为E1。测序结果表明E1片段在Me14结合位点处存在2个SNP位点。在其中一个A/G转换的SNP位点处，HpaⅡ内切酶可特异性地酶切以保持系和恢复系总DNA为模板扩增获得的E1纯化片段，而不育系和F1杂种的E1纯化片段不能被酶切。同时RT-PCR结果表明，E1的转录水平在不育系P3A和保持系P3B中的时空表达模式无差异，在GenBank中也没有与E1相匹配的蛋白序列。该CMS胞质SNP分子标签可视为红麻不育胞质mtDNA进化的特异事件。

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