中国教育

　　山东大学

　　山东大学在超级计算机的应用中有着丰富的经验，其生命学院、化学院、药学院、物理学院、能动学院和材料学院都有超算实际应用，其中引人瞩目的是生物技术国家重点实验室的973项目（2011CB707401）纤维素酶高效降解结晶纤维素的催化机理研究，极大地促进CBHI持续高效降解结晶纤维素的分子动态过程的研究。纤维素外切酶CBHI持续催化降解结晶纤维素的生物过程在毫秒级，这意味着常规MD模拟只能对酶分子的动态过程进行有限的收敛模拟分析。为此，山东大学高性能计算团队使用了增强取样的副本交换分子动力学模拟(REMD)方法。REMD能够加速计算，减少计算时间，但是会使用成倍于常规分子动力学模拟的计算资源。在山东大学高性能计算中心进行的纤维素酶的REMD模拟，模拟包含80个副本，每个副本使用12核，共使用960核，总模拟时间尺度达到微秒级。此模拟将极大地促进CBHI持续高效降解结晶纤维素的分子动态过程的研究以及降解过程充分必要条件的阐明。