根据第九届全国人民代表大会第一次会议批准的国务院机构改革方案和《国务院关于机构设置的通知》（国发[1998]5号），将原国家教育委员会更名为教育部，对其职能作出如下调整：
（一）划出的职能
1．经国务院授权的省、自治区、直辖市人民政府，可以审批设立实施专科学历教育的普通高等学校。
2．普通高等学校序列中的高等职业技术学校和成人高等学校的指令性招生计划逐步改为指导性计划；成人高等学校毕业证书及发放办法，由各省、自治区、直辖市制定。
3．中等专业学校招生计划由省、自治区、直辖市制定。
4．将省属本专科院校的本专科专业设置审批权，下放给各省、自治区、直辖市教育行政管理部门。
5．将省属本科院校学士学位授予单位的审批权和已定为硕士学位授予单位的省属高等学校的硕士学位授予点的审批权，下放给经国务院学位委员会批准授权的省、自治区、直辖市学位委员会。
6．教育部直属高等学校学费的收费标准，由学校所在地教育行政部门审核后，报所在地省级人民政府批准。
7．将组织中学生参加国际数、理、化、生物、信息等奥林匹克竞赛活动的审批工作，交给中国科学技术协会承担。
8．在实行工资总额包干和执行高等学校编制管理有关规定的前提下，将教育部直属高等学校的内部用人制度、劳动工资和收入分配的管理、内部机构的设置以及在专业技术职务宏观结构调控下学校专业技术职务岗位设置与调整的审批权，下放给直属高等学校。
9．将教育部直属高等学校副校级（不含副校级）以下领导职务任免管理权，下放给直属高等学校。
10．已批准设立研究生院的高等学校及科研机构，可自行审批本单位相关专业的硕士学位授予点。
11．将博士学位授予单位的博士生指导教师的审批权，下放给已批准为博士学位授予单位的高等学校和有关科研机构。
12．教育部直属高等学校根据国家房改政策和教育部有关规定制定的学校住房制度改革办法，由学校报当地房改部门审批并报教育部备案。
（二）划入的职能
1．将国家语言文字工作委员会并入教育部，对外保留国家语言文字工作委员会的牌子。
2．学生思想政治工作由教育部负责，重大事项请示中央宣传部。
3．将人事部承担的管理非教育系统出国留学人员派出的职能，交给教育部承担。
4．在中央本级财政中，教育部直属院校的经费预算（合教育事业费、教育基建投资）确定后，由教育部安排；国家发展计划委员会在确定非教育部直属院校的基建投资项目时要征求教育部意见；中央教育费附加及各项教育专款的使用，由教育部、财政部共同提出方案、联合下达。
5．有关国际援助和外国政府贷款中教育合作项目的立项、审批后的具体管理，教育部直属高等学校和直属单位申请的项目经批准后，由教育部负责指导执行；省、自治区、直辖市所属教育单位申请的项目经批准后，由教育部负责行业指导。
6．各类职业技术学校的学历教育管理，由教育部指导。
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