2005年的指导思想是：以邓小平理论和“三个代表”重要思想为指导，深入学习贯彻党的十六大和十六届三中、四中全会精神，全面准确地把握科学发展观的内涵，以科学发展观统领理工科教育工作，坚定不移地贯彻“巩固、深化、提高、发展”的方针，以人为本，促进理工科教育全面协调可持续发展。
要以贯彻落实第二次全国高等学校教学工作会议精神为主线，重点抓高等学校的教学质量，抓高等学校的分层次办学，抓教学改革成果的宣传。要按照教育发展规律的要求，加强监管、调控、协调、服务等政府职能，综合应用政策、规范、评估、项目、信息等多种管理手段，切实加强和改进理工科教育领域的宏观管理和调控。努力处理好四个方面的关系：第一，统筹理工科教育规模、质量、结构、效益的协调发展；第二，统筹理工科教育的改革、发展和稳定；第三，统筹各种类型理工科教育的协调发展；第四，协调理工科教育与相关行业的关系。要按照中央有关保持共产党员先进性教育活动的要求，积极组织学习，进一步提高思想认识，密切联系工作实际，坚持边学边改，紧紧围绕部、司重点工作，认真贯彻落实。
在进行了理工科教育形势分析之后，计划2005年开展以下各方面的工作，特别要加强理工科教育的宏观调控。
一、重点工作
1．工程教育改革。要以培养工程应用型人才为工程教育改革的主要目标，大力推进工程教育人才培养模式改革，加强产学研合作教育。启动工程应用型人才培养示范院校建设工作。
2．课程教学改革。调动高校、院系、教师及社会多方面的积极性，加大课程建设投入，鼓励高校与企事业单位合作建设课程；加大教学方法改革的力度，加强课程教学质量评价，促进教授上讲台、上好课。精心组织2005年度国家精品课程评审工作，带动和促进省级和校级精品课程建设；加快建设精品课程共享平台，加大精品课程的宣传和推广力度。
3．国家基础性研究、战略性产业、艰苦性行业人才培养工作。积极总结各类理工科教学基地改革和建设的经验，加大成果宣传力度，积极探索新的建设机制，研究制定“十一五”建设规划。筹备示范性软件学院验收评估和国家集成电路人才培养基地中期检查。加大教学基地双语教学工作推进力度。
二、质量监控工作
4．建立并完善理工科专业评估（认证）体系。启动理工科各学科专业的专业评估（认证）方案研究制定工作，选择部分专业开展专业评估（认证）试点。积极与有关部门、行业合作，参与注册工程师制度的建立。
5．加强实践教学环节的质量监控。开展理工科各学科专业毕业论文（设计）抽查工作，建设理工科毕业论文（设计）质量监控体系。
三、调查研究工作
6．抓紧研究并适时印发理工科各学科专业发展战略研究报告。
7．抓紧制定并适时印发理工科各学科指导性专业规范。
8．组织研究性学习和创新教育研讨。
四、其他工作
9．完成理工科类国家教学成果奖励评审工作。
10．推动Linux技术培训与推广中心建设。
11．规范和推动各项大学生科技竞赛活动。
12．筹备理工科教学指导委员会换届事宜。
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