2010年11月26日，中国科学技术信息研究所在“2009年度中国科技论文统计结果发布会”上公布了最新的“百种中国杰出学术期刊”评选结果。根据中国科学论文与引文数据库的统计数据，《北京大学学报（自然科学版）》被评为 “百种中国杰出学术期刊”。至此，《北京大学学报（自然科学版）》已连续6年获此荣誉。