高校为第一完成单位获2009年度国家科技奖项排序
| 序号 | 获奖单位 | 自然科学奖 | 技术发明奖 | 科技进步奖 | 合 计 | ||||
| 二等 | 一等 | 二等 | 一等 | 二等 | 一等 | 二等 | 总计 | ||
| 1 | 浙江大学 | 3 | 6 | 9 | 9 | ||||
| 2 | 清华大学 | 1 | 3 | 4 | 8 | 8 | |||
| 3 | 西安交通大学 | 3 | 4 | 7 | 7 | ||||
| 4 | 上海交通大学 | 1 | 5 | 6 | 6 | ||||
| 5 | 北京大学 | 2 | 1 | 3 | 3 | ||||
| 5 | 湖南大学 | 1 | 2 | 3 | 3 | ||||
| 5 | 华南理工大学 | 1 | 2 | 3 | 3 | ||||
| 5 | 吉林大学 | 1 | 1 | 1 | 3 | 3 | |||
| 5 | 南京大学 | 1 | 1 | 1 | 3 | 3 | |||
| 5 | 首都医科大学 | 3 | 3 | 3 | |||||
| 11 | 北京工业大学 | 2 | 2 | 2 | |||||
| 11 | 东南大学 | 2 | 2 | 2 | |||||
| 11 | 复旦大学 | 1 | 1 | 2 | 2 | ||||
| 11 | 华东理工大学 | 2 | 2 | 2 | |||||
| 11 | 华中科技大学 | 1 | 1 | 2 | 2 | ||||
| 11 | 昆明理工大学 | 2 | 2 | 2 | |||||
| 11 | 兰州大学 | 1 | 1 | 2 | 2 | ||||
| 11 | 山东农业大学 | 2 | 2 | 2 | |||||
| 11 | 四川大学 | 1 | 1 | 2 | 2 | ||||
| 11 | 同济大学 | 1 | 1 | 1 | 1 | 2 | |||
| 11 | 武汉大学 | 2 | 2 | 2 | |||||
| 11 | 中国矿业大学 | 2 | 2 | 2 | |||||
| 11 | 中国农业大学 | 1 | 1 | 2 | 2 | ||||
| 11 | 中南大学 | 1 | 1 | 2 | 2 | ||||
| 25 | 温州医学院 | 0.5 | 1 | 1.5 | 1.5 | ||||
| 26 | 安徽农业大学 | 1 | 1 | 1 | |||||
| 26 | 北京航空航天大学 | 1 | 1 | 1 | |||||
| 26 | 北京化工大学 | 1 | 1 | 1 | |||||
| 26 | 北京机械工业学院 | 1 | 1 | 1 | |||||
| 26 | 北京交通大学 | 1 | 1 | 1 | |||||
| 26 | 北京科技大学 | 1 | 1 | 1 | |||||
| 26 | 北京林业大学 | 1 | 1 | 1 | |||||
| 26 | 北京师范大学 | 1 | 1 | 1 | |||||
| 26 | 北京邮电大学 | 1 | 1 | 1 | |||||
| 26 | 长安大学 | 1 | 1 | 1 | |||||
| 26 | 长沙理工大学 | 1 | 1 | 1 | |||||
| 26 | 大连理工大学 | 1 | 1 | 1 | |||||
| 26 | 大庆石油学院 | 1 | 1 | 1 | |||||
| 26 | 中国人民解放军第二军医大学 | 1 | 1 | 1 | |||||
| 26 | 东华大学 | 1 | 1 | 1 | |||||
| 26 | 贵州大学 | 1 | 1 | 1 | |||||
| 26 | 哈尔滨工业大学 | 1 | 1 | 1 | |||||
| 26 | 杭州电子科技大学 | 1 | 1 | 1 | |||||
| 26 | 河北农业大学 | 1 | 1 | 1 | |||||
| 26 | 河海大学 | 1 | 1 | 1 | |||||
| 26 | 河南工业大学 | 1 | 1 | 1 | |||||
| 26 | 河南农业大学 | 1 | 1 | 1 | |||||
| 26 | 黑龙江中医药大学 | 1 | 1 | 1 | |||||
| 26 | 湖南农业大学 | 1 | 1 | 1 | |||||
| 26 | 华南农业大学 | 1 | 1 | 1 | |||||
| 26 | 华中农业大学 | 1 | 1 | 1 | |||||
| 26 | 江南大学 | 1 | 1 | 1 | |||||
| 26 | 江苏大学 | 1 | 1 | 1 | |||||
| 26 | 南京工业大学 | 1 | 1 | 1 | |||||
| 26 | 南京理工大学 | 1 | 1 | 1 | |||||
| 26 | 南京林业大学 | 1 | 1 | 1 | |||||
| 26 | 南开大学 | 1 | 1 | 1 | |||||
| 26 | 宁波大学 | 1 | 1 | 1 | |||||
| 26 | 山东大学 | 1 | 1 | 1 | |||||
| 26 | 山东建筑大学 | 1 | 1 | 1 | |||||
| 26 | 沈阳农业大学 | 1 | 1 | 1 | |||||
| 26 | 四川农业大学 | 1 | 1 | 1 | |||||
| 26 | 太原理工大学 | 1 | 1 | 1 | |||||
| 26 | 武汉工业学院 | 1 | 1 | 1 | |||||
| 26 | 武汉科技大学 | 1 | 1 | 1 | |||||
| 26 | 武汉科技学院 | 1 | 1 | 1 | |||||
| 26 | 西南交通大学 | 1 | 1 | 1 | |||||
| 26 | 西南石油大学 | 1 | 1 | 1 | |||||
| 26 | 香港科技大学 | 1 | 1 | 1 | |||||
| 26 | 香港中文大学 | 1 | 1 | 1 | |||||
| 26 | 新疆医科大学 | 1 | 1 | 1 | |||||
| 26 | 燕山大学 | 1 | 1 | 1 | |||||
| 26 | 浙江工业大学 | 1 | 1 | 1 | |||||
| 26 | 浙江理工大学 | 1 | 1 | 1 | |||||
| 26 | 浙江林学院 | 1 | 1 | 1 | |||||
| 26 | 浙江中医药大学 | 1 | 1 | 1 | |||||
| 26 | 中国地质大学（武汉） | 1 | 1 | 1 | |||||
| 26 | 中国海洋大学 | 1 | 1 | 1 | |||||
| 26 | 中国科学技术大学 | 1 | 1 | 1 | |||||
| 26 | 中国人民解放军第三军医大学 | 1 | 1 | 1 | |||||
| 26 | 中国人民解放军第四军医大学 | 1 | 1 | 1 | |||||
| 26 | 中国人民解放军国防科学技术大学 | 1 | 1 | 1 | |||||
| 26 | 中国石油大学（北京） | 1 | 1 | 1 | |||||
| 26 | 中国药科大学 | 1 | 1 | 1 | |||||
| 26 | 中山大学 | 1 | 1 | 1 | |||||
| 26 | 仲恺农业工程学院 | 1 | 1 | 1 | |||||
| 26 | 重庆大学 | 1 | 1 | 1 | |||||
| 26 | 重庆交通大学 | 1 | 1 | 1 | |||||
| 89 | 暨南大学 | 0.5 | 0.5 | 0.5 | |||||
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