十年来国家科委在各有关部门的支持下和从事“863”计划管理的干部、专家、学者、不断地实践、总结、再实践、再总结逐步建立起适合我国国情的“863”计划管理机制和体系。其主要特点是统一指挥、科学决策、专家负责、分层管理。拨款制度改革和专家决策管理是863计划改革的核心。目前，4个行之有效的管理系统正在形成。它们分别是：

　　1、决策指挥系统 　　

　　它由国家科技领导小组、国家科委、各领域的专家委员会、各主题项目的专家组组成。 　　

　　国家科技领导小组是863计划的最高决策指挥机构，负责审定重大方针政策，审定中长期计划重大问题的决策与协商，向中央和国务院报告计划执行情况。

　　2、协调管理系统

　　它由国家科技领导小组办公室、国家科委高技术计划联合办公室各有关部门、各领域办公室、各领域专家委员会办公室、各主题专家组办公室组成。

　　3、评估监督系统

　　它是由国家科委、有关部门的领导和专家以及各领域专家委员会(组)的首席科学家组成。

　　4、信息交流服务系统

　　通过新闻界、科技情报系统、《高技术通讯》和各领域或各主题的快报、简报、科学报告等进行信息交流和相互服务，并使高技术研究的成果扩散到全社会。