2001年2月19日，当中国科学院系统科学研究所研究员、中国科学院院士吴文俊和湖南杂交水稻研究中心研究员、中国工程院院士袁隆平接过第一届国家最高科学技术奖这份沉甸甸的荣誉时，很多中国人的视线第一次聚焦在这些白发苍苍的科学家身上。

　　此后，王选、黄昆、金怡濂、刘东生、王永志、叶笃正、吴孟超、李振声、闵恩泽、吴征镒、王忠诚、徐光宪等人的名字都出现在这项迄今为止以国家名义颁发的奖金额度最高的奖励名单上。

　　我国在上世纪60年代设立了国家自然科学奖、发明奖，80年代设立了国家科技进步奖，90年代又设立了国际科技合作奖。1986年第一次颁发科技进步奖时，项目达1761项，以后每年有七八百项。

　　国家科技奖励的规范化，科学、公平、公正的评审制度，得到了社会的认可。逐渐地，奖励成为衡量一个人、一个单位贡献的标准，带来一些意想不到的结果，比如科研人员评职称、评院士，甚至确定退休工资，都和奖励挂起钩来；有的人科研项目还没启动，首先就考虑报奖的排名问题；一些不法分子也以奖励的名义，趁机招摇撞骗……自1993年《科技进步法》颁布以来就在酝酿的科技奖励制度改革，似乎箭在弦上，不得不发。

　　1998年，科技部向国务院提交了科技奖励制度改革方案。时任国务院副总理李岚清提出：应当加大对科技拔尖人才的奖励力度。当时，国家科技奖励特等奖的奖金额度为10万～20万元，而1994年在香港注册成立的何梁何利基金奖的最高奖——科学与技术成就奖的奖金高达100万港币。

　　科技奖励制度改革要能突出对一线拔尖人才的奖励，一方面要能真正改善科学家的个人生活，同时又能继续推进科研事业。科技奖励制度改革方案规定，500万奖金中50万归个人，450万用于研究。

　　1999年7月23日，国务院办公厅批转《科学技术奖励制度改革方案》。从2000年开始，新设立的国家最高科学技术奖提交国务院常务会议讨论，由国务院发布决定，由国家主席签发证书……

　　国家最高科技奖的诞生有一定的流程：省级政府、国务院有关部门推荐或最高奖获得者个人推荐，院士、专家对推荐人选进行咨询、打分，国家最高科技奖励评审委员会评选，国家科技奖励委员会审定，科技部核准，报国务院批准，国家主席签署证书，颁发奖金。为确保公正，国家最高科技奖励评审委员会实施记名投票，每一位评审委员都必须对自己的一票负责，委员必须有三分之二多数通过才算有效。