时代的发展和社会的进步，使民办高校的发展模式面临着不同的走向。
1.虽然滚动发展模式曾一度是民办高校创建和发展的惟一选择，但是在未来的发展中可能不再是主流，而且还会不断地分化
90年代注入式、改制运作、附属运行模式的出现，已经使从“三无”起步的民办高校受到冲击。随着民办高等学校设置标准的进一步规范，滚动发展模式会受到更大的挑战。面对民办高校整体办学条件的不断提高，单纯依靠学费积累来改善办学条件是十分困难的，寻求新的资金投入方式和合作道路是走出困境的突破口。滚动发展的模式已经在逐渐分化，但由于国内经济发展的不平衡，在一些贫困地区从“三无”开始，面向农村，以低学费、低投入滚动发展的办学模式还将延续。
2.注入式发展模式将脱颖而出，成为民办高等教育发展的主流
随着改革的深入，大企业集团或个人投资办学不仅呈现出强大的经济优势而且呈现出强劲的发展势头。
目前我国私营企业已经开始介入高等教育市场，这不仅极大地推动了民办高等学校硬件的建设，而且把企业的经营管理模式引入学校管理之中，促进了发展。为避免资本的寻利性和教育的公益性之间的冲突，政府应该加强引导与规范，才能保证注入发展模式得以合理运作。另外，应看到依靠这种模式发展的民办高校很容易受到投资企业经营状况的冲击。
3.改制运作模式将成为一个时期内民办高等教育发展的重要选择
改制是特定时期民办高等教育发展的一条捷径。一方面，可以使民办高校发展有一个较高的初始点，加速民办高等教育的发展；另一方面，新的资金注入和对已有资源的盘活也使原有的学校很快充满生机。
但改制不应一哄而起，而是有选择的行为，改制一定程度上会带来学校生源的波动。改制更重要的是使学校所有权与经营权分离，使学校的改革由被动变为主动。随着公立学校办学自主权的扩大与完善，改制不会是公立院校改革与发展的长久选择，更不是民办高等教育发展的一种主要模式，事实上，它只是民办高等教育发展的一种中间形态。
4.附属再生模式将会成为高等教育改革的一个突破
附属性大学是世界上流行的一种高校类型，它拥有众多附属于自己的学院。这种发展模式的一个较大优势是克服了民办高校由于基础投入不足和办学条件有限导致的障碍，同时也使公立院校闲置的资源得以充分的开发和利用，为公立院校改革注入活力。同时，被附属的大学为维护自身的声望也不得不切实加强对附属学院的监督和管理。然而，普通高校与附属二级学院的关系到底如何理顺，如何促进共同发展仍是值得关注的问题。
随着我国加入WTO，民办高等教育的发展还将进一步多元化。尽管民办高校在具体运作中也表现出各自的局限性及不同程度的不适应性，但是多元化的发展为民办高等教育发展带来了新的生机与活力。
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