重大项目的定位是面向国家经济建设、社会可持续发展和科技发展的重大需求，选择具有战略意义的关键科学问题，汇集创新力量，开展多学科综合研究和学科交叉研究，充分发挥导向和带动作用，进一步提升我国基础研究源头创新能力。

　　重大项目采取统一规划、分批立项的方式，根据国家自然科学基金优先发展领域，在深入研讨和广泛征求科学家意见的基础上提出重大项目立项领域。侧重支持在科学基金长期资助基础上产生的“生长点”，期望通过较高强度的支持，在解决关键科学问题方面取得较大突破。

　　“十一五”期间重大项目只接受整体申请，要分别撰写项目申请书和课题申请书，不接受针对《指南》某一部分研究内容或一个课题的申请。一份申请中的子课题不能超过5个，每个子课题的共同研究单位不能多于2个，项目申请人必须是其中一个子课题的负责人。

　　申请书的资助类别选择重大项目，亚类说明说明选择“项目申请书”或“课题申请书”，附注说明选择相应的重大项目立项领域，申请书正文按重大项目正文撰写提纲撰写。

　　2008年度公布“十一五”期间第一批8个重大项目指南，申请人应注意按照申请指南的要求，凝练具有基础性和前瞻性的关键科学问题；科学目标明确、集中，学科交叉性强；国内具备较好的研究工作积累和研究条件，研究队伍具有一定规模，有一批在国际上有影响的学术带头人。资助强度为1000万元/项，研究期限一般为4年。

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