清华大学计算机科学与技术系是由前自动控制系和工程力学数学系计算数学专业的一部分组建而成。其筹建工作始于1955年初，毛主席、党中央决定独立发展我国的原子能事业，为配合这方面的人才需要，是年10月，清华大学增设十个新专业，其中包括在电机工程系增设“远距离机械及电气自动装置”，后来正式命名为“自动学远动学”专业。次年，清华大学决定增设新的专业，其中包括电子计算机专业。2月25日，清华大学向高等教育部报请申报1956年增设新专业的计划，3月31日，高等教育部以(56)工曾字682号文件正式批复：“电子计算机专业：同意你校意见提前于今年设置。”
1956 年5月20日，国务院科学规划委员会提出“发展计算技术、半导体技术、无线电电子学、自动化和远距离操纵技术的紧急措施方案(即：四大紧急措施)”。清华大学创办的“自动学远动学”专业和“电子计算机”专业适逢其时地纳入国家急需发展计划。
8月30日，人民日报头版发表了一条消息：“培养国家急需的高级科学技术人才”，其中写道：新学年起在我国高等学校里将开始培养金属物理学、计算数学、电子计算机等现代最新科学技术方面的高级专业人才电子计算机专业今年将在清华大学一到四年级全面开设。在暑期里从清华大学和交通大学抽调到这个专业的四年级三十名学生正在补课。这个学校今年还要开设运用学 、高压技术、工业热工学、燃气轮机制造等四个新专业。运用学是一门新兴的科学。
这条消息向国内外宣告了清华大学计算机科学与技术有关专业诞生！
1955年，电机工程系增设“自动学远动学”专业，它是后来的“自动控制系”第一块基石，由副系主任钟士模教授负责筹建。1955年秋，全国统招录取本专业首届一年级新生，共56名，分成自01班和自02班。1956年秋，全国统招录取本专业第二届一年级新生，分成自11班和自12班。同时录取运筹学专业首届一年级一个班(即运11 班)新生。此外，还从电机工程系其他专业及动力机械等系抽调来一百多名三、四年级的学生分别组成自9班和自8班。
这就形成我国最早的自动控制专业四个年级，共七个班近200名学生。
1956年，无线电系增设“数学计算仪器与装置”专业，简称“电子计算机”专业。由凌瑞骥同志负责筹建。计算机专业也是四个年级同时开办。一年级是当年全国统招入学的新生，分成计11和计12两个班。二、三年级学生是从本校电机系、 动力系及机械系抽调的，组成计01班和计9班。四年级学生由清华大学和交通大学电机系抽调组成计7班。这就形成我国最早的计算机专业四个年级，共六个班近200 名学生。
1956年暑假后，计算机专业转入电机系，在电机系设立统一管理自动学远动学、计算机和运筹学三个专业的自动控制教研组(代号510)，12月14日校务会议公布任命钟士模教授兼任主任。
1957年初，国防部第五研究院负责同志来清华会见蒋南翔校长，建议同清华建立合作关系。校党委副书记、副教务长陈舜瑶、钟士模教授和凌瑞骥同志参加了会谈。会后钱学森院长同蒋南翔校长签署了合作协议，确定清华的自动学远动学专业、电子计算机专业同五院合作，为他们培养人才。
1957年秋，首届计算机专业计7班30名学生毕业。其中，除了已提前抽调的胡道元、郑衍衡、沈以鸿和徐路四人之外，又有王尔乾、王爱英和熊云高三人留系任教。同时，全国统招录取这三个专业一年级新生120人，分成自21、自22、计21、计22 和运21 等五个班。至此，510教研组三个专业的在校学生已有一至五年级共18个班多达五百余人。
1956年，钟士模教授领导510教研组，从那时起就以为数不多的留美、留苏归来的学者和校内毕业的青年骨干教师为基础，着手组建一支素质高、刻苦学习、努力工作、全面发展、生机勃勃的教师队伍，包含三个教学小组：自动学远动学教学小组，成员包括：钟士模、唐泽圣、徐继悌、张毓凯、林尧瑞、章燕申、李允武、陈永乐、袁曾任、耿文菊、褚家晋、冯元琨、方棣棠、石定机和周普渭等。电子计算机教学小组，成员包括：金兰、周寿宪、王继中、房家国、汤弘寿、韩在瑞、廖先、胡道元、王尔乾、郑衍衡、熊云高、杜毅仁和赵荣久等。运筹学教学小组，成员包括：周华章、石纯一、王爱英和高达生等。
在1956 年制定的国家科学发展规划中,计算数学列为重点发展的新学科。当时，只有北京大学和吉林大学已设置了该专业。我校高等数学教研组也立即确定它为重点研究方向之一，并专门派赵访熊教授到苏联列宁格勒大学和莫斯科大学进修，还派李庆扬老师到吉林大学进修，听苏联专家讲授的“计算方法”课。随后，赵访熊教授负责筹建计算数学专业。该专业包括两个专门化：计算方法和程序设计，后者逐渐发展成为计算机系软件专业。
此外，为了加速推进我国自动控制专业的发展，清华大学受上级委托，举办生产过程自动化进修班，培训兄弟院校师资和科研院所研究人员，为期一年半，培训了一百余名学员。
1956-1957年度第四次校务会议决定专门成立一个负责该班工作的自动化教研组，任命钟士模教授为主任，郎世俊为副主任，张毓凯、特古斯为秘书。
在启动教学业务的同时，科研工作也随即启动了。1957年，在访问苏联参观列宁格勒多科性技术学院校的“飞行器控制系统模拟技术”实验室之后，钟士模教授决定自行研制飞行模拟转台，和“二机部四局”(航空工业部的前身)合作研制。这是教研组的第一项科研任务。在我国率先研制“ 计算机控制三自由度飞行模拟试验台”， 对于我们系在飞行器自动控制领域站稳脚跟并不断发展有着十分重要的意义。
因此，到1958年前，计算机科学与技术系的前身自动控制系已见雏形，它的建立已是水到渠成了。
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