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中山大学探索HPC组织与建设机制
http://www.edu.cn   2010-06-23 中国教育和科研计算机网 作者:

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  随着计算机科学与技术的发展,理论、实验和计算已成为当代科学研究的三大支柱。高性能计算成为支撑科学研究和高新技术发展的基础性交叉学科,越来越多的科学研究和重大工程中的关键问题不能单纯依靠理论和实验研究方法加以解决,而大规模、高性能的计算和模拟提供了新的研究途径。

  高性能集群情况

  中山大学是一所包括人文科学、社会科学、自然科学、技术科学、医学和管理科学等在内的多学科综合性研究型院校,在文、理、医等主要学科在高性能计算方面都有着巨大需求。特别是在环境工程、生物信息学、计算化学、理论物理、材料科学、流体力学等领域,均有多课题组承担着国家自然科学基金项目、国家项目、省自然科学基金项目和广东省科技攻关项目,这些项目都依赖于高性能计算来完成海量的计算工作。

  早在“985”一期数字化校园建设中,作为数字化科研的重要内容,我校于2005年购入一套由65个节点构成的曙光TC4000L高性能计算集群,其峰值计算力达到7280亿次,配套的存储约有5T。作为学校的第一套高性能公共计算平台,该集群自投入使用以来,一直作为多个学院和科研团队的主要计算工具。经过近4年的使用,随着用户不断增多,计算量和应用需求急速增大,已有的计算资源已不能满足当前用户的需求。2008年底,结合我校部分学科的需求,购入一套曙光5000A刀片集群,包含44个双路8核计算刀片和1个8路32核胖节点,峰值计算力超过3万亿次,配套存储为12TB,实现高性能与网格计算平台的初步扩容。目前,经过优化与整合,我校已初步建立起全校共享的高性能网格计算平台,该平台聚合计算力约4万亿次,并安装了常用的通用软件和中国教育科研网格支撑平台软件,可以同时供校内用户和教育科研网格用户使用。

  该集群投入使用以来,已为我校生物信息学、流体力学、材料学、理论物理、化工、气象、环境、地理信息学等多个学科研究项目提供重要的科学计算支撑,涉及的项目包括国家重大研究计划项目、国家自然科学基金项目、广东省自然科学基金项目、国家杰出青年基金项目,科技部973项目、国家重点基础研究发展计划项目,国家自然科学基金重点项目,高等学校博士学科点专项基金项目等,产生了一批重要的科研成果。

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