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为了进一步加强高等教育教学研究工作，指导高等教育教学改革，教育部党组批准，教育部高教司与高等教育出版社共建成立了全国高等学校教学研究中心（以下简称"高教研究中心" ），"高教研究中心"于1999年1月27日正式成立。教育部副部长周远清及有关领导同志出席了成立大会。
根据教育部人事司《关于设立"全国高等学校教学研究中心"及有关事项的通知》精神，"高教研究中心"作为教育部高教司指导下的独立的研究机构，主要职责是，面向全国高等院校组织开展高等教育教学研究、教材建设和现代教学技术及手段研究；承担教学研究成果鉴定和推广应用；组织编写教学刊物、简报、信息资料通过图书、光盘、网络等多种形式向社会各界提供服务；承办教育部高教司委托的有关工作。"高教研究中心"负责同志将其归纳为"研究、服务、承办"。
"高教研究中心"设在高等教育出版社，其业务工作由教育部高教司指导，对外在规定的职责范围内独立开展工作。"教研中心"的人员规模近期暂定为20人，可根据工作需要聘请兼职研究人员。
为紧密配合高教司各项工作，更好地为全国高教战线服务，2002年初，"中心"结合高教司的机构设置进行了机构重组，现设有八室一刊，分别为：
中心办公室、政策研究室、教学评估研究室（配合承担教学评估工作）、教育技术研究室、教材建设研究室、教学研究一室、教学研究二室、教学研究三室和《中国大学教学》编辑部。"中心"主任为高教司司长兼任，设常务副主任主持工作。"中心"所设八个室对口高教司相应处室开展工作，承担相应工作任务，各室主任均聘请全国高教战线的有关专家担任，专设常务副主任主持工作。
"中心"还是全国高等学校教学研究会的挂靠单位，承担和负责教研会的日常工作。1998年11月，在当时主管高教工作的周远清副部长的直接关心下成立的教研会，现有团体会员学校1000多所；理事长为曲钦岳院士，周远清副部长担任顾问，一大批全国高教战线著名的专家、学者、领导任副理事长、常务理事、理事；中心常务副主任为研究会的常务副理事长兼秘书长。
教研会成立之初，下设四个研究部，为了适应我国高等教育跨越式发展、精英教育向大众化教育转移的需要，更好地组织全国高校开展教学研究工作，经常务理事会讨论理事大会通过修改研究会章程，筹备设立有关学科、专业委员会，首批数学、物理、化学、计、生、机、电、土、经管等10多个学科、专业委员会已发文至各省市高教处征求意见，采用单位委员制和地方教育主管部门推荐的办法。
"高教研究中心"的指导思想是： 高举邓小平理论伟大旗帜，认真贯彻党的十五大精神，紧紧围绕"高教研究中心"的宗旨和主要职责，抓紧"高教研究中心"的思想和队伍建设，组织并开展教育教学研究，承担和承办职责范围内的任务，积极提供服务，为深化改革、提高高等教育教学和教材建设的质量做出贡献。 
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