我国高等教育经历了一系列重大改革，实现了跨越式发展，进入了新的发展时期。新的发展时期的重要标志之一，就是实施“985工程”，建设世界一流大学和高水平研究型大学。这在我国教育发展史和中华民族振兴史上都具有奠基性的意义。

　　“985工程”也是东北大学的历史性机遇。东北大学是一所以工为主的多科性重点大学。改革开放以来，特别是通过两期“211工程”和一期“985工程”的建设，各方面改革不断深化，办学实力不断提升，办学思想和发展目标更加明确，形成了以“多科性、研究型、国际化”为核心的发展战略。但是，深刻理解“985工程”的指导思想、意义、目标和任务，我们深感实现打造“科技创新平台”和“哲学社会科学基地”的重点目标，主要矛盾还在于师资队伍整体素质和水平的差距以及优秀拔尖人才的匮乏。

　　建设一支高水平的教师队伍，提高办学质量与效益，关键在于能否实现管理体制和运行机制的创新。我国高等院校的学术组织机构长期以来一直实行的是以教学、行政一体化的教研室的组织管理模式。随着欧、美、日等发达国家高等院校管理模式的不断引进，随着学校办学功能、办学理念及办学规模的变化，这种传统模式受到了很大冲击。由于没有建立起新的科学有效的机制，科研队伍的小型、分散等现象仍十分普遍。因此，探索建立适合国情、校情的学术组织已经成为我们提高科技竞争力，建设有特色的研究型大学的重要课题。在建设研究型大学中，不突破现有学术组织体制和机制的束缚，就难于形成责、权、利明确的科学体制，难以建立起能充分调动广大教师积极性的有效机制，进而提高学校的科技创新能力。为此，我们在学术组织的设计与建设上分两个阶段进行了改革尝试。

　　第一阶段：1998年7月提出设想，开展讨论，制定方案；1999年3月在两个学院进行试点。2000年7月在全校铺开。改革的目的是建立具有科研活力的基层学术组织，解散教研室，组建研究所。以建设研究型大学为目标，参照学科目录，以凝炼的学术方向为基础，尊重个人学术愿望，充分考虑人员结构、学术实力、外部需求等，形成适当规模的团队，实行所长负责制，推动科研与教学的协调与融合，促进以高水平的科研带动高水平的教学，从整体上围绕研究所重新优化配置各种教学科研资源。这是一次赋予基层学术组织科研内涵的“转基因工程”。

　　在把研究所作为基层学术组织的基本模式的同时，把国家重点实验室、教育部重点实验室等提升为学校直属单位，实施“学术特区”政策，并支持成立具有“中心节点”的矩阵式“研究中心”，以促进学科交叉的科技创新。

　　第二阶段：2004年开始进行结构性调整，对全校科技资源分类整合。在研究所的基础上，进一步凝炼方向，汇聚队伍，按照“985工程”二期的要求，构筑了5个“科技创新平台”和一个“哲学社会科学基地”，尽快使其优先形成更具竞争力的科技创新“特区”；成立研究院，将分散在学院和科技产业集团的国家级工程研究中心、有实力的省部级工程研究中心和与企业共建的研究中心纳入研究院体制；科技产业也在清产核资的基础上，按照现代企业制度完成了集团化的重组。通过上述整合，对不同科技资源制定不同的目标，给予不同的定位，遵循各自的规律，实行有区别的体制、机制和政策，形成上、中、下游有机衔接，相互支撑的科技创新体系。

　　研究所(或学科交叉的研究中心)作为科研教学相融合的基层学术组织，主要以基础性、探索性、前沿性、交叉性的研究为主，同时承担本科生与研究生的教学任务。科技创新平台(基地)是基层学术组织中的“特区”，以重大科技创新为主要目标，承担研究生和适量的本科生教学任务；研究院通过产学研结合的途径，以重大科技开发和科技成果转化为主要目标，承担研究生培养任务；科技产业集团实行现代企业制度，发展高科技产业，加速东大软件园和科技园的发展。

　　实践证明，制度创新是大学发展的内在变量。基层学术组织是大学的“基因”，它在很大程度上决定了大学创新的活力。应当看到“科技生产力”蕴含在基层，基层学术组织是科技创新活动的主体。因此，只有建立起科学的管理体制和有效的激励与制约机制才能激发科技创新的活力，才有可持续性的科技创新，才会形成科技创新的竞争力。同时，为了优先构筑科技竞争力，还应当有不同形式的“学术特区”，即形成点、面结合与交叉的格局，在整体提升的同时，使一些部位尽快进入国家创新体系。还应当认识到只有围绕基层学术组织配置各种科技资源(包括人才)，才能做到合理、有效，才能充分发挥科技资源的作用。此外，必须高度重视研究型大学基层学术组织的教学功能，不能造成科研冲击教学的局面，要有利于实现科研与教学的融合，以高水平的科研带动高水平的教学。